Колкото и да си струва, действителната ми настройка е следната, докато не измисля (или намеря) нещо очевидно по-добро:
lib
db
index.js
model.js
...
handler
index.js
whateverMakesSenseForMyParticularWebSite.js
...
router
index.js
model1RestRoutes.js
model2RestRoutes.js
iuRoutes.js
...
config.js (or a folder with multiple files if it makes sense)
server.js (main)
public
css
img
js
test
...
views
...
Така че да, модели, изгледи, но правя отделни маршрути и имплементация на действителните манипулатори. Отделяне, инжектиране на зависимост през целия път. Много по-подлежащи на тестване/подигравки.