За съжаление поддръжката на IronPython за pip и setuptools все още е нестабилна. Можете да опитате да конфигурирате pip ръчно, като следвате тези инструкции и тогава трябва да можете да инсталирате пакети от PTVS, но не всички пакети ще работят с тези по-стари версии на setuptools.
Освен това, много пакети няма да работят с IronPython, точка. По принцип, ако пакетът има собствен код в него (.pyd файлове), той няма да работи, защото IronPython не имплементира API за разширяване на CPython. Подозирам, че PyMongo ще бъде един от тях.
Има ли някаква конкретна причина, поради която се опитвате да използвате IronPython за това? Обърнете внимание, че PTVS поддържа напълно обикновен Python.