Мога ли лесно да върна всички полета на поддокумент като полета в документа от най-високо ниво, като използвам рамката за агрегиране?

Можете да използвате $replaceRoot оператор за агрегиране от 3.4:

db.getCollection('sample').aggregate([
    {
        $replaceRoot: {newRoot: "$field1"}
    }
])

Предоставя изход според очакванията:

{
    "subfield" : {},
    "subfield2" : [],
    "subfield3" : 44,
    "subfield5" : "xyz"
}