Да – можете да използвате вариант на стратегията, използвана за създаване на нов индекс в набор от реплики без прекъсване. Това ще изисква скрития член да бъде изведен офлайн, докато индексът(ите) се създават.
Ето връзката към стратегията:http://docs.mongodb.org/manual/tutorial/build-indexes-on-replica-sets/#procedure
Във вашия случай ще изведете скрития член офлайн и ще рестартирате в самостоятелен режим (премахнете опцията --replSet и използвайте различен номер на порт). След като членът е изолиран, можете да коригирате индексите (премахнете ненужните и добавете нови). След като индексите са създадени, рестартирайте члена със стария порт и опцията --replSet.
Скритият член ще се синхронизира отново с набора реплики и всичко е готово.
