Ако разбрах правилно въпроса ви, искате тези документи, които имат еднакви стойности в поле1 и поле2.
За този опит
db.coll.find({$where: function() { return this.field1 == this.field2 } } );
или по-компактен
db.coll.find({ $where : "this.field1 == this.field2" } );