Току-що поправих това, като използвах ИД на референтния обект вместо самия референтен обект като дума за търсене.
$_repo->findOneByCustomer($customer->getId());
РЕДАКТИРАНЕ:Това не хвърля изключението, но всъщност и не връща нищо. Опитах да използвам new MongoId($id), както беше предложено на няколко места (Doctrine MongoDB намиране по id ), но и това не проработи. Накрая намерих нещо в пълния конструктор на заявки, който търси по препратки (забележка:това използва обекта вместо идентификатора на обекта).
$dm->createQueryBuilder()->find('CantaoCustomerBundle:CustomerTags')
->field('customer')->references($customer)
->getQuery()->execute();
Чувствам, че това трябва да се направи по-просто (както направихте първоначално), но тази корекция работи за мен.