Краткият отговор на вашия въпрос е; ти не го правиш. Единствената достъпна за вас опция е да съхраните всяка уникална двойка като един елемент от масива. Така че вместо :
{a:[1,2], b:[8,9]}
съхранявате
{ab:[[1,8], [1,9], [2,8], [2,9]]}
Очевидно това има няколко недостатъка, така че наистина зависи от конкретния ви случай на употреба дали това е подходящо заобиколно решение или не. Съгласен съм обаче, че mongo не трябва да отхвърля множество индекси на масиви само за идиотска проверка. Това е добра функция за масиви с малка/ниска мощност.
