Краткият отговор е, защото {"relationships.terminated"} не е валиден json/bson обект. JSON обектът е съставен от ключ и стойност и {"relationships.terminated"} има само ключ (или стойност, зависи как го гледате).
За съжаление, за да деактивирате поле в Mongo, не е необходимо да задавате действителната стойност на полето, което искате да премахнете. Можете да използвате всяка стойност (1 обикновено се използва в документите на Mongo), независимо от действителната стойност на relationships.terminated :
db.users.update({"username":"joe"},{"$unset":{"relationships.terminated" : 1}});
