уникален мангуст:вярно не работи

Това се случва, защото запазвате дублирания документ преди mongoose завърши създаването на индекса. Mongoose създава индексите в движение, след като приложението ви е стартирало.

Така че, за да сте сигурни, че вашият документ ще бъде запазен само след създаването на индексите, трябва да слушате index събитие на вашия модел. Например:

Model.on('index', function (error) {
  console.log(jp);
  jp.save(function(err){
    console.log(err);
    var jp2 = new Model({ phone: "123456"});
    console.log(jp2);
    jp2.save(function(err){
      console.log(err);
      process.exit();
    });
  })
});

Сега, когато се опитате да запишете втория документ (дублирания), вашият MongoDB ще изведе грешка, защото вашето save повикванията ще се изпълняват само след създаването на индексите.