Така че най-накрая разбрах какво правя грешно. Изходният код на mongoose прилага всички дефинирани методи вътре в schema.methods
към прототипа на модела в точката, в която схемата на модела е зададена на името на модела (mongoose.model("modelname", modelSchema)
). Следователно трябва да дефинирате всички методи, които добавят тези методи към обекта на метода на екземпляра на Schema, преди да зададете името на модела. Настройвах модела, преди да дефинирам методите. Проблемът е разрешен.