По отношение на производителността разликата в най-добрия случай ще бъде малка. Поради факта, че вашите имейл адреси са уникални, всеки съставен индекс, който има поле за имейл, никога няма да бъде по-полезен от индекс само за имейл адрес. Причината за това е, че полето ви за електронна поща вече има максимална кардиналност за вашата колекция и всички допълнителни индексни полета няма да помогнат на базата данни да филтрира записите по-бързо, тъй като винаги ще пристига на правилните документи само с полето за електронна поща.
От гледна точка на използването на паметта (което е много важно за бази данни като MongoDB), индексът на електронната поща също е много по-малък.
TL;DR :Използвайте индекса само на имейл адреса.