Имах същия проблем. _id в моята DB колекция беше String . След като активирах mongoose debug require('mongoose').set('debug', true) , открих, че заявката на mongoose id като ObjectId("yourId") освен ако не дефинираме _id в Схемата. За да реша проблема, трябваше да добавя _id:String в схемата на mongoose.
const MyDataSchema = new Schema({
_id: String,
...
...
}