Използване на UUID в mongoose за препратки към ObjectID

Все още можете да използвате populate() с _id стойности на типове освен ObjectID, но трябва да използвате същия тип в референтната дефиниция.

Така че вашата trackPassSchema трябва да се промени на:

var trackPassSchema = new Schema({
    _id: { type: String, default: function genUUID() {
        return uuid.v1()
    }},
    vehicle: [
        {type: String, required: true, ref: 'Vehicle'}
    ]
});

Както Адам отбелязва в коментарите, можете да опростите своя default стойност за:

var trackPassSchema = new Schema({
    _id: { type: String, default: uuid.v1 },
    vehicle: [
        {type: String, required: true, ref: 'Vehicle'}
    ]
});