Добавям този отговор, тъй като търсех решение и не го намерих. Това може да не отговори точно на този въпрос или да е, но ще помогне на много други като мен.
Пример. Ако полето с null е houseName и е от тип string , решението може да бъде такова
db.collectionName.createIndex(
{name: 1, houseName: 1},
{unique: true, partialFilterExpression: {houseName: {$type: "string"}}}
);
Това ще игнорира null стойности в полето houseName и пак да сте уникални.