Да, dropDups изчезна завинаги. Но определено можете да постигнете целта си с малко усилия.
Първо трябва да намерите всички дублиращи се редове и след това да премахнете всички освен първо.
db.dups.aggregate([{$group:{_id:"$contact_id", dups:{$push:"$_id"}, count: {$sum: 1}}},
{$match:{count: {$gt: 1}}}
]).forEach(function(doc){
doc.dups.shift();
db.dups.remove({_id : {$in: doc.dups}});
});
Както виждате doc.dups.shift()
ще премахне първия _id от масива и след това премахнете всички документи с оставащи _ids в масива за дублиране.
скриптът по-горе ще премахне всички дублиращи се документи.