mongoose.Types.ObjectId е ObjectId функция на конструктор, това, което искате да използвате в дефинициите на схеми, е mongoose.Schema.Types.ObjectId (или mongoose.Schema.ObjectId ).
Така че deviceSchema вместо това трябва да изглежда така:
var deviceSchema = schema({
name : String,
type : String,
room: {type: mongoose.Schema.Types.ObjectId, ref: 'Room'},
users: [{type:mongoose.Schema.Types.ObjectId, ref: 'User'}]
});