Ако не сте ограничени до това, че заявката е в една единствена стъпка, можете да опитате:
стъпка 1) използвайте агрегатната функция с операторите $unwind и $group, за да намерите минималния елемент за всеки документ
myresults = db.megas.aggregate( [ { "$unwind": "$items" },
{"$group": { '_id':'$_id' , 'minitem': {'$min': "$items.item" } } } ] )
стъпка 2) цикъла през резултатите и $издърпайте елемента от масива
for result in myresults['result']:
db.megas.update( { '_id': result['_id'] },
{ '$pull': { 'items': { 'item': result['minitem'] } } } )