MongoDB - Еквивалент на LEFT JOIN, където една колекция не съществува

Е, вашата редакция по принцип има отговора. Просто $match където масивът е празен:

db.getCollection('collA').aggregate([
    { "$lookup": {
      "from": "collB",
      "localField": "_id",
      "foreignField": "_id",
      "as": "collB"
    }},
   { "$match": { "collB.0": { "$exists": false } } }
])

$exists тест върху индекса на масива от 0 е най-ефективният начин да попитате в заявка „това масив с елементи в него ли е“.