В момента не мисля, че е възможно да се направи това с една операция. Побитовите оператори (http://www.mongodb.org/display/DOCS/Updating#Updating-%24bit) все още нямат '$xor', въпреки че имам корекция за него.
В момента решението, за което мисля, е винаги да използвам '$inc':
cl.update( { "_id": ...}, { '$inc' : { 'field' : 1 } } );
След това вместо да проверявате за вярно или невярно, можете да проверите дали даден елемент е "вярно":
cl.find( { "_id": ..., 'field' : { '$mod' : [ 2, 1 ] } );
IE, вие използвате модула оператор, за да видите дали е четен или нечетен, като дори е "ненастроен" и нечетен е "настроен". Ако искате да имате противоположно поведение (т.е. да намерите всички елементи, които нямат зададен флаг), тогава използвайте
[ 2, 0 ];