Как да проверя дали се използва индекс

Най-простото решение за това е да използвате вградения в mongodb етап на агрегиране $indexStats, добавен в MongoDB 3.2.

Използване на конзолата Mongo:

db.collection.aggregate([ { $indexStats: { } } ])

Използване на PyMongo:

from pymongo import MongoClient
collection = MongoClient()[db_name][collection_name]
index_stats = collection.aggregate([{'$indexStats':{}}])

for index_info in index_stats:
    print index_info