Това, което видях направено и това, което използвам в момента, са вградени масиви с идентификатори на възел във всеки документ.
Така че документът user1 има групи свойства:[id1,id2]
И документ group1 има потребители на свойства:[user1]. Група документи2 също има потребители на свойства:[потребител1].
По този начин получавате обект Group и лесно избирате всички свързани потребители и същото за потребителя.
Това отнема малко повече работа при създаване и актуализиране на обекта. Когато кажете, че 2 обекта са свързани, трябва да актуализирате и двата обекта.
Има също така концепция DBReferences в MongoDB и в зависимост от вашия драйвер, той автоматично ще изтегли референтни обекти при извличане на документ.
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+References#DatabaseReferences-DBRef
