sort трябва да бъде списък с двойки ключ-посока, т.е.
db.test.find({"number": {"$gt": 1}}).sort([("number", 1), ("date", -1)])
Причината, поради която това трябва да бъде списък, е, че подреждането на аргументите има значение и dict s не са подредени в Python <3.6
