Понастоящем няма начин за филтриране на вградени документи по начина, който описвате. Използването на нотацията с точки ви позволява да съпоставяте във вграден документ, но целият документ, родител и всички, пак ще бъдат върнати. Възможно е също да изберете кои полета ще бъдат върнати, но това също не помага на вашия случай.
Разполагаме с калъф „виртуални колекции“, който би реализирал желаната функционалност; не се колебайте да гласувате за него:
http://jira.mongodb.org/browse/SERVER-142
Междувременно вероятно трябва да третирате коментарите като собствена колекция. Като цяло, ако трябва да работите с даден набор от данни самостоятелно, направете го колекция. Ако е по-добре замислен като част от друг набор, по-добре е да се вгради.