Как да спрете вмъкването на дублиращи се документи в колекция mongodb

Не използвайте вложка.

Използвайте актуализация с upsert=true . Актуализацията ще търси документа, който съответства на вашата заявка, след това ще промени желаните от вас полета и след това можете да му кажете upsert:True, ако искате да вмъкнете, ако нито един документ не съответства на заявката ви.

db.collection.update(
   <query>,
   <update>,
  {
    upsert: <boolean>,
     multi: <boolean>,
    writeConcern: <document>
   }
  )

Така че, за вашия пример, можете да използвате нещо подобно:

db.collection.update(doc, doc, {upsert:true})