Знам, че това е старо, но търсенето в Google за този проблем сочи тук. Ето отговора:
Debian и Ubuntu ограничават достъпа за папки. За това трябва да използвате папката phpmyadmin.
В Ubuntu това е "/etc/phpmyadmin/" (без кавичките).
Така че конфигурацията ще бъде:
$cfg['UploadDir'] = '/etc/phpmyadmin/';