Ако използвате SQL Server 2008, индексният филтър може би е вашето решение:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188783 .aspx
Ето как налагам уникален индекс с множество NULL стойности
CREATE UNIQUE INDEX [IDX_Blah] ON [tblBlah] ([MyCol]) WHERE [MyCol] IS NOT NULL