Имах същия проблем, който и ти имаше преди около година. Разгледайте отговорите тук, има някои страхотни предложения от хора:CodeIgniter MSSQL връзка
Освен това преди няколко дни беше публикувана тема тук:CI свързване към SQL SERVER - вижте и отговора ми там, тъй като той реши проблема за този конкретен разработчик.