Връзка едно към едно с различен първичен ключ в EF 6.1 Code First

one-to-one връзка с изрично FK свойство (като вашия PayGroup.SupervisorId ) не се поддържа.

Така че премахнете това свойство от модела:

public class PayGroup
{
    public int Id { get; set; }
    public virtual Employee Supervisor { get; set; }
}

и използвайте следното плавно картографиране:

modelBuilder.Entity<PayGroup>()
    .HasRequired(e => e.Supervisor)
    .WithOptional()
    .Map(m => m.MapKey("SupervisorId"));

WithOptional() call уточнява две неща. Първо, няма свойство за обратна навигация в Employee клас и второ, че FK не е задължително (Allow Nulls = true в таблицата).

Ако решите да добавите свойство за обратна навигация

public class Employee
{
    public string EmployeeId { get; set; }
    public string FullName { get; set; }
    public virtual PayGroup PayGroup { get; set; } // <=
}

променете го на WithOptional(e => e.PayGroup) .

Ако искате да го направите задължително (Allow Nulls = false в таблицата), след това използвайте съответния WithRequiredDependent претоварване (зависимо тук означава, че Employee ще бъде директор и PayGroup ще бъде зависимият ).