Това може да не е най-ефективното, но бих създал временна таблица, която да съхранява резултатите от съхранената процедура и след това да я използвам в съединение срещу целевата таблица. Например:
CREATE TABLE #t (uniqueid int)
INSERT INTO #t EXEC p_YourStoredProc
UPDATE TargetTable
SET a.FlagColumn = 1
FROM TargetTable a JOIN #t b
ON a.uniqueid = b.uniqueid
DROP TABLE #t