Вижте презентацията Представяне на SQL Server Express Local DB Runtime – дава страхотен преглед.
Огромното предимство на LocalDB е, че това е истински SQL Server - това е специална версия на SQL Server Express, но по същество поддържа всичко, което има "реалният" SQL Server - типове пространствени данни, съхранени процедури - вие го наречете.
SQL Server Compact Edition от друга страна е много намалена версия - много функции и типове данни не се поддържат. Той е по-малък и по-пъргав - но му липсва много удар.
Аз лично бих избрал SQL Server Express с LocalDB среда за изпълнение над SQL Server CE 4 - освен ако не се нуждаете специално от малкия размер на SQL Server CE (например на мобилно устройство).
Вижте също сравнение между SQL Server CE 3.5, CE 4.0, SQL Server Express 2008 R2 и SQL Server 2012 Express LocalDB в отличния Everything SQL Server Compact на ErikEJ уеб сайт.