Реших подобен проблем с помощта на NULLIF
функция:
UPDATE table
SET col1 = NULLIF(col1, '')
От справочника за T-SQL:
NULLIF връща първия израз, ако двата израза не са равни. Ако изразите са равни, NULLIF връща нулева стойност от типа на първия израз.