Каква е разликата между използването на кръстосано свързване и поставянето на запетая между двете таблици?

Те връщат едни и същи резултати, защото са семантично идентични. Това:

select * 
  from A, B

...е (трепне) синтаксис на ANSI-89. Без клауза WHERE за свързване на таблиците заедно, резултатът е декартов продукт. Което също предлага алтернативата:

    select * 
      from A 
cross join B

...но CROSS JOIN е синтаксис ANSI-92.

Относно производителността

Между тях няма разлика в производителността.

Защо да използвате ANSI-92?

Причината да се използва синтаксисът на ANSI-92 е за поддръжка на OUTER JOIN (IE:LEFT, FULL, DIGHT) - синтаксисът на ANSI-89 няма никакъв, толкова много бази данни са имплементирали свои собствени (което не се пренася към други бази данни ). IE:(+) на Oracle , =* на SQL Server