flask.ext. е отхвърлен модел, който се използва предимно в по-стари разширения и уроци. Предупреждението ви казва да го замените с директния импорт, който предполага, че е flask_mysql . Flask-MySQL обаче използва още по-остарял модел, flaskext. . Не можете да направите нищо по въпроса, освен да убедите поддържащия да пусне нова версия, която го коригира. from flaskext.mysql import MySQL трябва да работи и да се избегне предупреждението, въпреки че е за предпочитане пакетът да бъде актуализиран, за да използва flask_mysql вместо това.