Това е по памет и не е тествано. Тъй като не казахте каква е грешката, предполагам, че правя подобно нещо преди с Mysql. Ако грешката казва, че не можете да актуализирате и изберете от същата таблица, трябва да добавите псевдоним към избраното. Ако не, мисля, че трябва да използвате IN, а не присъединяване.
Не е тествано, но трябва да работи
UPDATE `customers`
SET `customers.working` = 'DUPL'
WHERE customers.ordernumber IN (SELECT t1.`ordernumber`
FROM (SELECT ordernumber
FROM `customers`
GROUP BY `ordernumber`
HAVING Count(`ordernumber`) > 1) AS t1);
На мобилен телефон, така че се надяваме, форматиран добре и скоби в правилния ред и т.н. :)