Каквото и да се случи с вашите герои, предполагам, че се случва преди да стигнат до MySQL. Знаците се преобразуват в числа от компютъра, когато въвеждаме знаците. След това тези числа пътуват от тук до там, между уеб формуляри и сървъри, уеб сървъри и интерпретатори на скриптове, след това сървъри на бази данни и обратно към уеб страници по същия начин.
Къде и как въвеждате данните си? Данните трябва да излязат по начина, по който са въведени. Ако вашите данни се предоставят чрез уеб формуляри, проверете кодирането на вашата уеб страница и как изпращате формуляри. Как ги получавате във вашите PHP скриптове и как ги изпращате към сървъра на базата данни. Виновната част тук вероятно не е MySQL, а друго място. Може да бъде и MySQL; но това не е единственото място на възможно лошо поведение и вероятно не е.
Проверете страниците си, проверете заглавките, когато пристигнат в браузъра ви.
Относно коментарите, които вашият въпрос получи, не, не е добре да използвате ISO5, защото имате нужда от няколко семейства ISO5. Трябва да използвате Unicode кодиране през повечето време, като най-доброто е utf-8. Освен това тук не става дума за това коя MySQL библиотека използвате, освен ако тази библиотека има някои известни грешки, което е много малко вероятно за нещо толкова старо. :) Все още трябва да използвате каквото и да е препоръчано като най-добри практики; но текущият ви проблем не е свързан с библиотеката, която използвате. Лошото е в разликата между това как въвеждате данните си и как ги преглеждате.