Не съм сигурен за mySQL, но в MSSQL можете да промените сортирането в заявката, така че например, ако имате 2 таблици с различно сортиране и искате да се присъедините към тях или както във вашата ситуация crate UNION, можете да направите
select column1 from tableWithProperCollation
union all
select column1 COLLATE SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS from tableWithDifferentCollation
Разбира се SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS е само пример за сортиране, в което искате да „конвертирате“