клиентът 'mysql' напълно ще игнорира параметъра -P, ако открие, че mysql работи на unix-сокет. Така че наистина, въпреки че питате за sphinxQL порта, вие се свързвате с mysql
Използвайте
mysql -P9306 --protocol=tcp
за да кажете на клиента да игнорира сокета.
Професионален съвет:
mysql -P9306 --protocol=tcp --prompt='sphinxQL> '
което служи като полезно постоянно напомняне, че сте свързани със sphinx, а не с mysql :)