Защо fputcsv създава дублиращи се колони?

PDO методът fetchAll() има параметър fetch_style което както е документирано ще върне масив както с числови, така и с наименувани асоциативни ключове, което ви кара да имате дубликати, когато обикаляте масива.

Можете да го зададете, като използвате една от константите за PDO Fetch, документирани тук - всички започват с PDO::FETCH_ и използвайте това, за да получите или асоциативен масив (PDO::FETCH_ASSOC ) или числов масив (PDO::FETCH_NUM )

return $statement->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC);