Липсва памет при извършване на голяма заявка?

Ако приемем, че използвате драйвера MySQL Connector/J, предоставен от MySQL, вярвам, че решението се намира в тази страница с ръководство (забележете параметър 1 на Connection::createStatement() ):

stmt = conn.createStatement(java.sql.ResultSet.TYPE_FORWARD_ONLY,
              java.sql.ResultSet.CONCUR_READ_ONLY);
stmt.setFetchSize(Integer.MIN_VALUE);