PHP SQL получава SELECT COUNT(user) към променлива

Трябва да използвате mysql_result и да получите първата колона от резултата. Като това:

$result = mysql_query("SELECT COUNT(user) FROM game_paths WHERE user='$user'");
$count = mysql_result($result, 0);

Можете също така да нанесете псевдоним на колоната по този начин:

$result = mysql_query("SELECT COUNT(user) AS total FROM game_paths WHERE user='$user'");
$data = mysql_fetch_assoc($result);
$count = $data['total'];

Което може да е по-добре, ако ще изберете няколко колони едновременно, а също и за четливост.