MySql самостоятелно JOIN заявка

Можете да използвате агрегиране тук:

SELECT job_id
FROM skill_usage
WHERE skill_id IN (3, 4)
GROUP BY job_id
HAVING MIN(skill_id) <> MAX(skill_id);

Тази заявка трябва да се възползва от следния индекс:

CREATE INDEX idx ON skill_usage (skill_id, job_id);

И двете WHERE и HAVING клаузите, както са написани, могат да бъдат изменени и трябва да може да се възползва от този индекс.