Обединяване на много към много таблици с Pivot

Трябва да посочите DISTINCT , т.е.

select users.name, group_concat( DISTINCT programs.name)

Вижте MySQL документите тук .

Опитайте да промените заявката си на:

SELECT users.name, group_concat(programs.name) 
from users
LEFT JOIN linker on linker.user_id = users.id
LEFT JOIN programs on linker.program_id = programs.id
GROUP BY users.id

Това ще ви даде null за всеки потребител без програми, свързани с тях. За да ги филтрирате, просто добавете WHERE programs.id IS NOT NULL .