Проблемът не беше, че таблицата беше повредена. Когато правите групиране по, mysql създава временна таблица. Тъй като таблицата е толкова голяма, временната таблица заема повече от 10 gb дисково пространство. Съобщението за грешка се появява, когато дискът е пълен на 100%.
Използвах командата за проверка на дисковото пространство:
df -h /dev/root
Така че в конфигурацията на MySQL (my.ini) промених местоположението (tmpdir), където се съхраняват временните таблици, на дял с достатъчно свободно дисково пространство.
сега заявката се изпълнява успешно