Изпълнението на mysql заявка от phpmyadmin промени само 1 запис. Опитах ssh, но същият проблем

Във вашата заявка SELECT липсва клауза GROUP BY. Вероятно имате предвид:

INSERT INTO appfilter2 
SELECT userapps.name, GROUP_CONCAT(CONCAT(userapps.activity, '/',userapps.class)) AS activity 
FROM userapps
GROUP BY userapps.name