Mysql PHP генерира таблица:не работи с Tablesorter

$.load() изпълнява асинхронна заявка, т.е. функцията не чака данните да пристигнат, преди да се върне. Следователно $("table").tablesorter(); се изпълнява най-вероятно преди таблицата да бъде добавена към документа. Или го направете синхронно повикване, или (още по-добре) подайте манипулатор за зареждане на цялото събитие.

http://api.jquery.com/load/ :

<script type="text/javascript">
  $(document).ready(function() { 
    $("#container").load(
      "table.php?randval="+Math.random(),
      null,
      function (responseText, textStatus, req) {
        $("table").tablesorter();
      }
    );
  }); 
</script>