След още малко търсене намерих следната връзка, която предполага, че това е грешка в MySQL:https://groups.google.com/forum/#!topic/sqlalchemy/ajYLEuhEB9k
За щастие, деактивиране на supports_san_multi_rowcount помогна!
engine = engine_from_config(settings, 'sqlalchemy.')
engine.dialect.supports_sane_rowcount = engine.dialect.supports_sane_multi_rowcount = False
Достатъчно добър за мен за сега. Ето още един интересен ресурс, който намерих по пътя, занимаващ се с postgresql:https://bitbucket.org/zzzeek/sqlalchemy/issue/3015/deletes-executed-twice-when-using
