КАК да направя съединение в MySQL, където ключът е подниз на key2?

Ако refs.isbn е substr на pdfrefs.isbn, можете да използвате просто харесване за присъединяване

SELECT
    dfrefs.title,
    pdfrefs.isbn,
    REGEXP_SUBSTR(refs.isbn,pdfrefs.isbn),
    refs.url,
    refs.isbn,
    pdfrefs.link_to_pdf
FROM refs
JOIN pdfrefs ON  pdfrefs.isbn like concat('%',refs.isbn, '%');