MySQL свързва само избрани редове

Можете да направите

SELECT SUM(netto)
FROM   invoices
       LEFT JOIN invoices_elements
         ON invoices_elements_code_invoices_id = invoices_id
            AND invoices_elements_enable = 1
WHERE  invoices_enable = 1
GROUP  BY invoices_elements_code_invoices_id  

Обърнете внимание на ограничението invoices_elements_enable = 1 е в ON клауза, за да се избегне преобразуването на заявката във inner join .