Възможно е да добавите MySQL сървър към SQL Server като свързан сървър.
След като го настроите, можете да правите заявки чрез OPENQUERY по следния начин:
SELECT t1.colA, t2.colB
FROM SQLdbName.dbo.tablename AS t1
INNER JOIN OPENQUERY(MySQLlinkedservername,
'SELECT colA, colB FROM tablename') AS t2
ON t1.colA = t2.colA