1. Не използвайте file() освен ако наистина не искате данните ред по ред. file_get_contents() е по-добре.
2. $query==file($file_name); Не мисля, че искате да правите сравнение тук.
3. mysql_query ще изпълни само една заявка наведнъж. Ще трябва да измислите някакъв начин да разделите вашите заявки във файла и да ги изпълнявате една по една.